由於反滲透膜的材質不同，使其有不同的化學穩定性。所以，對水中pH、餘氯、水溫、微生物以及其他化學物質等的忍耐程度也有很大差異。給水的渾濁度、懸浮物質和膠體物質的含量有嚴格控製。汙染指數FI的指標不要超出，FI越低越好。總之，嚴格按上表給水水質標準執行，對反滲透裝置的運行是有好處的。
一、反滲透膜的化學清洗
膜清洗頻率與預處理措施的完善程度是緊密相關的。預處理越完善，清洗間隔越長；反之，預處理越簡單，清洗頻率越高。一般膜清洗是遵循“10%法則” ── 當校正過的淡水流量與最初200h運行（壓緊發生之後）的流量相比，降低了10%和（或）觀察到壓差上升了10%-20%就需進行清洗。盡可能在脫鹽率下降顯示出來以前采取措施。正規安排的保護性維護清洗不足以保護反滲透係統，譬如，由於預處理設備運行不正常，進水條件在短時間內就會發生變化。
反衝洗對於防止大顆粒對某些形式反滲透膜件的堵塞是有效的。但不是所有的汙染都可通過簡單的反衝洗就能清除掉，還需要有周期的化學清洗。化學清洗除需增加藥劑和人工費用外，還有汙染問題，所以也不可過於頻繁，每月不應超過1-2次，每次清洗時間約1-2h。
化學清洗係統通常包括一台化學混合箱和與之相配的泵、混合器、加熱器等。化學清洗常是根據運行經驗來決定（可以根據每列設備壓降讀數與運行時間的關係曲線，或是依據產水量、淡水水質和膜的壓降等）。
化學清洗所用的藥劑和方法，需根據汙染源來決定。下表可供參考，但更應重視積累和應用本單位的經驗。為了保證效果，在化學清洗前要進行衝洗。衝洗前先降壓，再用2-3倍正常流速的進水衝洗膜，靠流體的攪動作用將汙物從膜麵剝離並衝走。然後針對汙染特征，選擇清洗液對膜進行化學清洗。為了保護反滲透膜件，液溫最好不超過35℃。
係統若停用5天以上，最好用甲醛衝洗後再投用。如果係統停用兩周或更長一些時間，需用0.25%甲醛浸泡，以防微生物在膜中生長。化學藥劑最後每周更換一次。
二、反滲透設備的運行注意事項
（1）醋酸纖維素膜的水解易造成反滲透裝置的性能惡化，為此，必須嚴格控製水的pH值，給水的pH值必須維持在5-6，而複合膜可以在給水pH3-pH11範圍下運行。
（2）當注入的次氯酸鈉量不足而使給水中的遊離氯不能測出時，在反滲透裝置的膜組件上會有黏泥發生，反滲透裝置的壓差將增大。但對於複合膜和聚酰胺膜來講，必須嚴格控製進入膜組件的遊離氯量，超過規定值將導致膜的氧化分解。
（3）若把FI值超標的水供緞帶反滲透裝置作為給水，在膜組件的表麵將附著汙垢，這樣必須通過清洗來去除汙垢。
（4）過量的給水流量將使膜組件提前劣化，因此給水流量不能超過設計標準值。此外濃水的流量應盡量避免小於設計標準值，在濃水流量過小的條件下運轉，會使反滲透裝置的壓力容器內發生不均勻的流動及由於過分濃縮而在膜組件上析出汙垢。
（5）反滲透裝置的高壓泵即使有極短的時間中斷運轉都可能使裝置發生故障。
（6）反滲透裝置入口壓力要保持有適當的裕度，否則由於沒有適當的壓實，除鹽率會降低。
（7）反滲透裝置停止時應用低壓給水置換反滲透裝置內的水。這是為了防止在停運時二氧化矽的析出（在冬季時水溫下降之故）。
（8）需經常注意精密過濾器的壓差。出現壓差急劇上升的原因主要是精密過濾器渾濁度的泄漏。相反，出現壓差急劇下降的原因是精密過濾器元件的破損，以及精密過濾器元件緊固螺絲鬆動等。
（9）當反滲透裝置入品和出口的壓差超過標準時，說明膜麵已受汙染或是給水流量在設計值以上。如經流量調整尚不能解決壓差問題，則應對膜麵進行清洗。
（10）在夏天給水溫度高，產水的流量就過多，有時不得不降低操作壓力，這樣做將導致產水水質下降。為了防止這點，可減少膜組件的根數，而操作壓力仍保持較高的水平。
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